《宗门里除了我都是卧底》讲述了一个充满悬疑与反转的奇幻冒险故事，故事背景设定在一个神秘的修仙宗门——青云宗。这个宗门表面祥和，弟子众多，但内部暗藏机锋，每个人似乎都有隐藏的秘密，谁都可能是敌人卧底。

主人公李天宇是一名初入宗门的普通弟子，性格聪明机敏，却因某次意外被卷入一场宗门内的权力争斗和神秘阴谋。随着故事推进，李天宇逐渐发现自己周围的人几乎全是卧底，而他却是唯一的“真面目”，肩负起揭露真相和守护宗门的重任。在经历重重考验和生死挑战后，他结识了几位忠诚伙伴，包括冷静睿智的长老赵玄和活泼机灵的师妹林清儿，他们在关键时刻给予了李天宇莫大的帮助。

剧情高潮在宗门遭遇巨大背叛危机时达到顶峰，李天宇凭借智慧和勇敢，识破了幕后黑手的阴谋，成功击溃内奸，守护了宗门的安宁。最终，他不仅揭开了层层迷雾，也实现了自我成长，成为了宗门新的中坚力量，故事以希望与新的挑战暗示续集展开而结束。